Index

_

_advanced_regionprops() (palmettobug.ImageAnalysis method) (palmettobug.ImageProcessing.ImageAnalysisClass.ImageAnalysis method) _assign_regions() (palmettobug.Analysis method) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis method) _distance_edt_data (palmettobug.Analysis attribute) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis attribute) _do_spatial_leiden() (palmettobug.Analysis method) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis method) _downsample_for_UMAP() (palmettobug.Analysis method) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis method) _homedir (palmettobug.Pixel_Classification.Classifiers.SupervisedClassifier attribute) (palmettobug.Pixel_Classification.Classifiers.UnsupervisedClassifier attribute) (palmettobug.SupervisedClassifier attribute) (palmettobug.UnsupervisedClassifier attribute) _image_name (palmettobug.Pixel_Classification.Classifiers.SupervisedClassifier attribute) (palmettobug.SupervisedClassifier attribute) _in_gui (palmettobug.Analysis attribute) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis attribute) _initial_Analysis_panel() (palmettobug.ImageAnalysis method) (palmettobug.ImageProcessing.ImageAnalysisClass.ImageAnalysis method) _initial_metadata_file() (palmettobug.ImageAnalysis method) (palmettobug.ImageProcessing.ImageAnalysisClass.ImageAnalysis method) _initialize_classifier_dict_and_ANN_MLP() (palmettobug.Pixel_Classification.Classifiers.SupervisedClassifier method) (palmettobug.SupervisedClassifier method) _intense_to_fcs() (palmettobug.ImageAnalysis method) (palmettobug.ImageProcessing.ImageAnalysisClass.ImageAnalysis method) _load() (palmettobug.Analysis_functions.WholeClassAnalysis.WholeClassAnalysis method) (palmettobug.WholeClassAnalysis method)

_load_csv() (palmettobug.Analysis method) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis method) _load_fcs() (palmettobug.Analysis method) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis method) _mask_bool() (palmettobug.ImageAnalysis method) (palmettobug.ImageProcessing.ImageAnalysisClass.ImageAnalysis method) _metadata (palmettobug.Analysis_functions.WholeClassAnalysis.WholeClassAnalysis attribute) (palmettobug.WholeClassAnalysis attribute) _panel (palmettobug.Analysis_functions.WholeClassAnalysis.WholeClassAnalysis attribute) (palmettobug.WholeClassAnalysis attribute) _panel_setup() (palmettobug.ImageAnalysis method) (palmettobug.ImageProcessing.ImageAnalysisClass.ImageAnalysis method) _plot_facetted_heatmap() (palmettobug.Analysis method) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis method) _plot_stars_CNs() (palmettobug.Analysis method) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis method) _quantile_choice (palmettobug.Analysis attribute) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis attribute) _scaling (palmettobug.Analysis attribute) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis attribute) _setup_classifier_directory() (palmettobug.Pixel_Classification.Classifiers.SupervisedClassifier method) (palmettobug.Pixel_Classification.Classifiers.UnsupervisedClassifier method) (palmettobug.SupervisedClassifier method) (palmettobug.UnsupervisedClassifier method) _setup_directory() (palmettobug.Pixel_Classification.Classifiers.SupervisedClassifier method) (palmettobug.SupervisedClassifier method) _write_biolables_csv() (palmettobug.Pixel_Classification.Classifiers.SupervisedClassifier method) (palmettobug.SupervisedClassifier method)

A

accept_and_return() (palmettobug.TableLaunch method) (palmettobug.Utils.sharedClasses.TableLaunch_nonGUI method) accept_button (palmettobug.TableLaunch attribute) (palmettobug.Utils.sharedClasses.TableLaunch_nonGUI attribute) add_Analysis() (palmettobug.Analysis_functions.SpatialAnalysis.SpatialAnalysis method) (palmettobug.SpatialAnalysis method) algorithm (palmettobug.Pixel_Classification.Classifiers.SupervisedClassifier attribute) (palmettobug.SupervisedClassifier attribute)

Analysis (class in palmettobug) (class in palmettobug.Analysis_functions.Analysis) Analysis_panel (palmettobug.ImageAnalysis attribute) (palmettobug.ImageProcessing.ImageAnalysisClass.ImageAnalysis attribute) append_regionprops() (palmettobug.Analysis method) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis method)

B

back_up_data (palmettobug.Analysis attribute) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis attribute)

back_up_regions (palmettobug.Analysis attribute) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis attribute)

C

class_labels (palmettobug.Analysis_functions.WholeClassAnalysis.WholeClassAnalysis attribute) (palmettobug.WholeClassAnalysis attribute) classifier_name (palmettobug.Pixel_Classification.Classifiers.UnsupervisedClassifier attribute) (palmettobug.UnsupervisedClassifier attribute) classifier_path (palmettobug.Pixel_Classification.Classifiers.SupervisedClassifier attribute) (palmettobug.SupervisedClassifier attribute) classify_from_secondary_flowsom() (in module palmettobug) (in module palmettobug.Pixel_Classification.use_classifiers)

clusterings_dir (palmettobug.Analysis attribute) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis attribute) column (palmettobug.TableLaunch attribute) (palmettobug.Utils.sharedClasses.TableLaunch_nonGUI attribute) CyTOF_bead_normalize() (in module palmettobug) (in module palmettobug.Entrypoint.bead_norm)

D

data (palmettobug.Analysis attribute) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis attribute) data_table_dir (palmettobug.Analysis_functions.WholeClassAnalysis.WholeClassAnalysis attribute) (palmettobug.WholeClassAnalysis attribute) details_dict (palmettobug.Pixel_Classification.Classifiers.SupervisedClassifier attribute) (palmettobug.SupervisedClassifier attribute) directory (palmettobug.Analysis attribute) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis attribute) (palmettobug.Analysis_functions.WholeClassAnalysis.WholeClassAnalysis attribute) (palmettobug.WholeClassAnalysis attribute) do_abundance_ANOVAs() (palmettobug.Analysis method) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis method) do_cluster_merging() (palmettobug.Analysis method) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis method) do_cluster_stats() (palmettobug.Analysis method) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis method) do_COMBAT() (palmettobug.Analysis method) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis method) do_count_GLM() (palmettobug.Analysis method) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis method) do_edt() (palmettobug.Analysis_functions.SpatialAnalysis.SpatialAnalysis method) (palmettobug.SpatialAnalysis method)

do_flowsom() (palmettobug.Analysis method) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis method) do_leiden_clustering() (palmettobug.Analysis method) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis method) do_neighborhood_CNs() (palmettobug.Analysis_functions.SpatialAnalysis.SpatialAnalysis method) (palmettobug.SpatialAnalysis method) do_neighbors() (palmettobug.Analysis_functions.SpatialAnalysis.SpatialAnalysis method) (palmettobug.SpatialAnalysis method) do_PCA() (palmettobug.Analysis method) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis method) do_regions() (palmettobug.Analysis method) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis method) do_reload_edt() (palmettobug.Analysis_functions.SpatialAnalysis.SpatialAnalysis method) (palmettobug.SpatialAnalysis method) do_scaling() (palmettobug.Analysis method) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis method) do_SpaceANOVA_ripleys_stats() (palmettobug.Analysis_functions.SpatialAnalysis.SpatialAnalysis method) (palmettobug.SpatialAnalysis method) do_state_exprs_ANOVAs() (palmettobug.Analysis method) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis method) do_UMAP() (palmettobug.Analysis method) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis method)

E

edt (palmettobug.Analysis_functions.SpatialAnalysis.SpatialAnalysis attribute) (palmettobug.SpatialAnalysis attribute) estimate_SpaceANOVA_min_radii() (palmettobug.Analysis_functions.SpatialAnalysis.SpatialAnalysis method) (palmettobug.SpatialAnalysis method) export_clustering() (palmettobug.Analysis method) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis method) export_clustering_classy_masks() (palmettobug.Analysis method) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis method)

export_data() (palmettobug.Analysis method) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis method) (palmettobug.Analysis_functions.WholeClassAnalysis.WholeClassAnalysis method) (palmettobug.WholeClassAnalysis method) export_DR() (palmettobug.Analysis method) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis method) extend_masks_folder() (in module palmettobug) (in module palmettobug.Pixel_Classification.use_classifiers)

F

filter_data() (palmettobug.Analysis method) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis method) flowsom_dictionary (palmettobug.Pixel_Classification.Classifiers.UnsupervisedClassifier attribute) (palmettobug.UnsupervisedClassifier attribute)

from_mcds (palmettobug.ImageAnalysis attribute) (palmettobug.ImageProcessing.ImageAnalysisClass.ImageAnalysis attribute)

I

ImageAnalysis (class in palmettobug) (class in palmettobug.ImageProcessing.ImageAnalysisClass) imc_entrypoint() (in module palmettobug) (in module palmettobug.ImageProcessing.ImageAnalysisClass) input_mask_folder (palmettobug.Analysis attribute) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis attribute)

input_tables_to_csv() (palmettobug.Analysis_functions.WholeClassAnalysis.WholeClassAnalysis method) (palmettobug.WholeClassAnalysis method) instanseg_segmentation() (palmettobug.ImageAnalysis method) (palmettobug.ImageProcessing.ImageAnalysisClass.ImageAnalysis method) is_batched (palmettobug.Analysis attribute) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis attribute)

L

launch_Napari_px() (palmettobug.Pixel_Classification.Classifiers.SupervisedClassifier method) (palmettobug.SupervisedClassifier method) load_classification() (palmettobug.Analysis method) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis method) load_clustering() (palmettobug.Analysis method) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis method) load_data() (palmettobug.Analysis method) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis method)

load_regionprops() (palmettobug.Analysis method) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis method) load_saved_classifier() (palmettobug.Pixel_Classification.Classifiers.SupervisedClassifier method) (palmettobug.SupervisedClassifier method) logger (palmettobug.Analysis attribute) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis attribute)

M

make_segmentation_measurements() (palmettobug.ImageAnalysis method) (palmettobug.ImageProcessing.ImageAnalysisClass.ImageAnalysis method) mask_expand() (in module palmettobug) (in module palmettobug.ImageProcessing.ImageAnalysisClass) mask_intersection_difference() (palmettobug.ImageAnalysis method) (palmettobug.ImageProcessing.ImageAnalysisClass.ImageAnalysis method) merge_classes() (in module palmettobug) (in module palmettobug.Pixel_Classification.use_classifiers) merge_folder() (in module palmettobug) (in module palmettobug.Pixel_Classification.use_classifiers) metadata (palmettobug.ImageAnalysis attribute) (palmettobug.ImageProcessing.ImageAnalysisClass.ImageAnalysis attribute) mode_classify_folder() (in module palmettobug) (in module palmettobug.Pixel_Classification.use_classifiers) module palmettobug palmettobug.Analysis_functions palmettobug.Analysis_functions.Analysis palmettobug.Analysis_functions.SpatialAnalysis palmettobug.Analysis_functions.WholeClassAnalysis palmettobug.Entrypoint palmettobug.Entrypoint.bead_norm palmettobug.Executable palmettobug.ImageProcessing palmettobug.ImageProcessing.ImageAnalysisClass palmettobug.Pixel_Classification palmettobug.Pixel_Classification.Classifiers palmettobug.Pixel_Classification.use_classifiers palmettobug.Utils palmettobug.Utils.sharedClasses

N

neighbors (palmettobug.Analysis_functions.SpatialAnalysis.SpatialAnalysis attribute) (palmettobug.SpatialAnalysis attribute)

P

palmettobug module palmettobug.Analysis_functions module palmettobug.Analysis_functions.Analysis module palmettobug.Analysis_functions.SpatialAnalysis module palmettobug.Analysis_functions.WholeClassAnalysis module palmettobug.Entrypoint module palmettobug.Entrypoint.bead_norm module palmettobug.Executable module palmettobug.ImageProcessing module palmettobug.ImageProcessing.ImageAnalysisClass module palmettobug.Pixel_Classification module palmettobug.Pixel_Classification.Classifiers module palmettobug.Pixel_Classification.use_classifiers module palmettobug.Utils module palmettobug.Utils.sharedClasses module panel (palmettobug.Pixel_Classification.Classifiers.UnsupervisedClassifier attribute) (palmettobug.UnsupervisedClassifier attribute) panel_write() (palmettobug.ImageAnalysis method) (palmettobug.ImageProcessing.ImageAnalysisClass.ImageAnalysis method) percent_areas (palmettobug.Analysis_functions.WholeClassAnalysis.WholeClassAnalysis attribute) (palmettobug.WholeClassAnalysis attribute) plot_cell_counts() (palmettobug.Analysis method) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis method) plot_cell_maps() (palmettobug.Analysis_functions.SpatialAnalysis.SpatialAnalysis method) (palmettobug.SpatialAnalysis method) plot_class_centers() (in module palmettobug) (in module palmettobug.Pixel_Classification.Classifiers) plot_classes() (in module palmettobug) (in module palmettobug.Pixel_Classification.use_classifiers) plot_cluster_abundance_1() (palmettobug.Analysis method) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis method) plot_cluster_abundance_2() (palmettobug.Analysis method) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis method) plot_cluster_distributions() (palmettobug.Analysis method) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis method) plot_cluster_histograms() (palmettobug.Analysis method) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis method) plot_cluster_stats() (palmettobug.Analysis method) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis method) plot_CN_abundance() (palmettobug.Analysis_functions.SpatialAnalysis.SpatialAnalysis method) (palmettobug.SpatialAnalysis method) plot_CN_graph() (palmettobug.Analysis_functions.SpatialAnalysis.SpatialAnalysis method) (palmettobug.SpatialAnalysis method)

plot_CN_heatmap() (palmettobug.Analysis_functions.SpatialAnalysis.SpatialAnalysis method) (palmettobug.SpatialAnalysis method) plot_distribution_exprs() (palmettobug.Analysis_functions.WholeClassAnalysis.WholeClassAnalysis method) (palmettobug.WholeClassAnalysis method) plot_edt_boxplot() (palmettobug.Analysis_functions.SpatialAnalysis.SpatialAnalysis method) (palmettobug.SpatialAnalysis method) plot_edt_heatmap() (palmettobug.Analysis_functions.SpatialAnalysis.SpatialAnalysis method) (palmettobug.SpatialAnalysis method) plot_facetted_DR() (palmettobug.Analysis method) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis method) plot_facetted_DR_by_antigen() (palmettobug.Analysis method) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis method) plot_heatmap() (palmettobug.Analysis_functions.WholeClassAnalysis.WholeClassAnalysis method) (palmettobug.WholeClassAnalysis method) plot_MDS() (palmettobug.Analysis method) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis method) plot_medians_heatmap() (palmettobug.Analysis method) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis method) plot_neighbor_centrality() (palmettobug.Analysis_functions.SpatialAnalysis.SpatialAnalysis method) (palmettobug.SpatialAnalysis method) plot_neighbor_enrichment() (palmettobug.Analysis_functions.SpatialAnalysis.SpatialAnalysis method) (palmettobug.SpatialAnalysis method) plot_neighbor_interactions() (palmettobug.Analysis_functions.SpatialAnalysis.SpatialAnalysis method) (palmettobug.SpatialAnalysis method) plot_NRS() (palmettobug.Analysis method) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis method) plot_PCA() (palmettobug.Analysis method) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis method) plot_percent_areas() (palmettobug.Analysis_functions.WholeClassAnalysis.WholeClassAnalysis method) (palmettobug.WholeClassAnalysis method) plot_pixel_heatmap() (in module palmettobug) (in module palmettobug.Pixel_Classification.Classifiers) plot_ROI_histograms() (palmettobug.Analysis method) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis method) plot_scatter() (palmettobug.Analysis method) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis method) plot_spaceANOVA_function() (palmettobug.Analysis_functions.SpatialAnalysis.SpatialAnalysis method) (palmettobug.SpatialAnalysis method) plot_spaceANOVA_heatmap() (palmettobug.Analysis_functions.SpatialAnalysis.SpatialAnalysis method) (palmettobug.SpatialAnalysis method) plot_state_distributions() (palmettobug.Analysis method) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis method) plot_state_p_value_heatmap() (palmettobug.Analysis method) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis method) plot_UMAP() (palmettobug.Analysis method) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis method) predict() (palmettobug.Pixel_Classification.Classifiers.SupervisedClassifier method) (palmettobug.Pixel_Classification.Classifiers.UnsupervisedClassifier method) (palmettobug.SupervisedClassifier method) (palmettobug.UnsupervisedClassifier method) predict_folder() (palmettobug.Pixel_Classification.Classifiers.SupervisedClassifier method) (palmettobug.Pixel_Classification.Classifiers.UnsupervisedClassifier method) (palmettobug.SupervisedClassifier method) (palmettobug.UnsupervisedClassifier method) print_3rd_party_license_info() (in module palmettobug) print_license() (in module palmettobug)

R

raw_to_img() (palmettobug.ImageAnalysis method) (palmettobug.ImageProcessing.ImageAnalysisClass.ImageAnalysis method) read_txt_file() (in module palmettobug) (in module palmettobug.ImageProcessing.ImageAnalysisClass) resolutions (palmettobug.ImageAnalysis attribute) (palmettobug.ImageProcessing.ImageAnalysisClass.ImageAnalysis attribute) run_edt_statistics() (palmettobug.Analysis_functions.SpatialAnalysis.SpatialAnalysis method) (palmettobug.SpatialAnalysis method)

run_GUI() (in module palmettobug) (in module palmettobug.Executable) run_napari() (in module palmettobug) (in module palmettobug.Utils.sharedClasses) run_SpaceANOVA_statistics() (palmettobug.Analysis_functions.SpatialAnalysis.SpatialAnalysis method) (palmettobug.SpatialAnalysis method)

S

save_dir (palmettobug.Analysis_functions.WholeClassAnalysis.WholeClassAnalysis attribute) (palmettobug.WholeClassAnalysis attribute) secondary_flowsom() (in module palmettobug) (in module palmettobug.Pixel_Classification.use_classifiers) segment_class_map_folder() (in module palmettobug) (in module palmettobug.Pixel_Classification.Classifiers) setup_and_train() (palmettobug.Pixel_Classification.Classifiers.UnsupervisedClassifier method) (palmettobug.UnsupervisedClassifier method) setup_classifier() (palmettobug.Pixel_Classification.Classifiers.SupervisedClassifier method) (palmettobug.SupervisedClassifier method)

setup_for_FCS() (in module palmettobug) (in module palmettobug.ImageProcessing.ImageAnalysisClass) slice_folder() (in module palmettobug) (in module palmettobug.Pixel_Classification.use_classifiers) SpaceANOVA (palmettobug.Analysis_functions.SpatialAnalysis.SpatialAnalysis attribute) (palmettobug.SpatialAnalysis attribute) SpatialAnalysis (class in palmettobug) (class in palmettobug.Analysis_functions.SpatialAnalysis) SupervisedClassifier (class in palmettobug) (class in palmettobug.Pixel_Classification.Classifiers)

T

table_list (palmettobug.TableLaunch attribute) (palmettobug.Utils.sharedClasses.TableLaunch_nonGUI attribute) TableLaunch (class in palmettobug) TableLaunch_nonGUI (class in palmettobug.Utils.sharedClasses) tablewidget (palmettobug.TableLaunch attribute) (palmettobug.Utils.sharedClasses.TableLaunch_nonGUI attribute)

to_analysis() (palmettobug.ImageAnalysis method) (palmettobug.ImageProcessing.ImageAnalysisClass.ImageAnalysis method) train_folder() (palmettobug.Pixel_Classification.Classifiers.SupervisedClassifier method) (palmettobug.SupervisedClassifier method) txt_folder_to_tiff_folder() (in module palmettobug) (in module palmettobug.ImageProcessing.ImageAnalysisClass)

U

unscaled_data (palmettobug.Analysis attribute) (palmettobug.Analysis_functions.Analysis.Analysis attribute)

UnsupervisedClassifier (class in palmettobug) (class in palmettobug.Pixel_Classification.Classifiers)

W

whole_marker_exprs_ANOVA() (palmettobug.Analysis_functions.WholeClassAnalysis.WholeClassAnalysis method) (palmettobug.WholeClassAnalysis method) WholeClassAnalysis (class in palmettobug) (class in palmettobug.Analysis_functions.WholeClassAnalysis)

write_from_Napari() (palmettobug.Pixel_Classification.Classifiers.SupervisedClassifier method) (palmettobug.SupervisedClassifier method)